Nie ma żadnego. System klasyfikacji organizmów jest formą katalogu, a każdy badacz może katalogować organizmy tak, jak mu się podoba. Powszechnie obowiązują jedynie zasady nazewnictwa (nomenklatury) organizmów. Np. zasady nomenklatury botanicznej określa Kodeks nomenklatury botanicznej, uaktualniany na kolejnych międzynarodowych kongresach botanicznych. Obecnie obowiązuje kodeks uchwalony na kongresie w Wiedniu w 2005 roku.

System klasyfikacji jest katalogiem organizmów, a nie faktem naukowym. Nie można zatem powiedzieć, czy jest prawdziwy, czy fałszywy. Rozpatrzmy to zagadnienie na przykładzie człowieka i szympansa. Człowiek jest jedynym współcześnie żyjącym gatunkiem klasyfikowanym w rodzaju Homo, a dwa gatunki szympansów są zaliczane do odrębnego rodzaju Pan. Wiemy już, że szympansy są najbliższymi krewnymi człowieka. Czy szympansy nie powinny być także zaliczane do rodzaju Homo? Oczywiście mogą być, ale nie muszą. Zaliczenie szympansów do rodzaju Homo nie jest hipotezą badawczą (nie można sobie wyobrazić żadnych faktów naukowych, które obaliłyby, bądź potwierdziły takie zaklasyfikowanie), ale kwestią definicji rodzaju Homo. Klasyfikacje, w której człowieka i szympansy zaliczamy do odrębnych rodzajów lub do jednego większego rodzaju, są zgodne z filogenezą tych gatunków.  Warto wiedzieć, że Linneusz zaliczył szympansa do rodzaju Homo, jako Homo troglodytes. A zatem, nie można powiedzieć, czy klasyfikacja jest prawdziwa, czy fałszywa. Można jedynie stwierdzić, czy określony system klasyfikacji jest zgodny z filogenezą organizmów. Ideałem taksonomów jest system stuprocentowo zgodny z drzewem życia.

Tak się przyjęło, a uzasadnienia są dwa. Twórcy klasyfikacji, w tym i Karol Linneusz, wierzyli, że system klasyfikacji oddaje naturalny porządek świata ożywionego – zamysł Stwórcy. Od momentu sformułowania teorii ewolucji przez Karola Darwina wiemy już, że różnice we wzajemnym podobieństwie organizmów wynikają z ich pokrewieństwa ewolucyjnego. Wydaje się zatem naturalne, aby system klasyfikacji oddawał to pokrewieństwo. Drugi powód to użyteczność klasyfikacji. System klasyfikacji służy m.in. do odszukiwania gatunków najbardziej podobnych, np. pod względem biochemicznym. Najbardziej podobne do siebie są gatunki najbliżej spokrewnione.

W ostatnich latach, głównie dzięki postępom w badaniach molekularnych, poglądy na filogenezę organizmów zmieniają się zasadniczo. Ponieważ badacze przyjmują, że system klasyfikacji organizmów powinien być zgodny z ich filogenezą, ulega on zmianie wraz z postępem filogenetyki (dyscypliny biologii poświęconej odtwarzaniu filogenezy organizmów). Warto jednak zauważyć, że zmiany te zachodzą z dużym opóźnieniem. Przykładowo, najczęściej spotykanym systemem klasyfikacji organizmów jest obecnie tzw. system pięciu królestw (bakterie, protisty, rośliny, grzyby i zwierzęta), podczas gdy jest on niewątpliwie niezgodny z filogenezą.

Z uwagi na wygodę i tradycję. Nie ma żadnych biologicznych powodów, dla których nazwy gatunków miałyby składać się z nazwy rodzajowej i określenia gatunkowego. Zresztą wiele potocznych nazw organizmów – jak pies, koń, krowa itd. – jest jednowyrazowych, a wiele nazw dwuwyrazowych to kalki z łaciny. Nazwy dwuwyrazowe są wygodne, ponieważ łatwiej tworzyć unikatowe kombinacje z dwóch wyrazów, niż wymyślać nowe wyrazy. Podobnie jest z imionami i nazwiskami. Przykładowo, jeśli mamy 100 imion i 100 nazwisk, to istnieje aż 10 tys. ich unikatowych kombinacji! Gdybyśmy nosili same imiona, to trzeba byłoby wymyślić ich aż 10 tysięcy, aby były równie jednoznaczne. Warto nadmienić, że kiedyś proponowano, aby zamiast nazw, nadawać gatunkom numery. Nazwy są jednak łatwiejsze do zapamiętania niż same numery. Dlatego też nazwy dwuczłonowe – po wprowadzeniu ich przez Linneusza – tak szybko się przyjęły. Drugim powodem trwałości nazewnictwa binominalnego jest tradycja. Nazw takich używamy od 1753 roku, a zatem wszyscy się już do nich przyzwyczaili.

Skróty te identyfikują autora lub autorów nazwy, aczkolwiek niekonieczne tych, którzy ten gatunek jako pierwsi opisali. Jeśli po nazwie jest skrót lub nazwisko nieujęte w nawias, oznacza to autora zarówno epitetu gatunkowego, jak i całej dwuczłonowej kombinacji. Jeśli nazwisko autora (lub skrót) jest ujęte w nawias,  oznacza to, że jest on autorem jedynie określenia gatunkowego, natomiast autorem kombinacji, czyli przeniesienia gatunku do danego rodzaju, jest już ktoś inny. W nazwach zwierząt autora kombinacji się nie zaznacza, np. Bubo bubo (L.), natomiast w nazwach roślin podaje się go po nawiasie, np. Picea abies (L.) Karst.

Takie nazwy, w których oba człony są identyczne, zwane są tautonimami i występują jedynie w nazewnictwie zoologicznym. Tautonimy wzięły się z dawnej praktyki tworzenia nazw rodzajowych. Przykładowo, Linneusz nazwał strzyżyka Montacilla troglodytes, czyli zaliczył go do jednego rodzaju z pliszkami. Określenie troglodytes, czyli „jaskiniowy”, prawdopodobnie odnosi się do miejsc gniazdowania strzyżyka, którymi mogą być wykroty. Później Vieillard uznał, że strzyżyk zasługuje na odrębny rodzaj, który nazwał właśnie Troglodytes. Zoologowie uznali, że prawidłowa nazwa powinna być kombinacją najstarszej nazwy rodzaju i najstarszego określenia gatunkowego, stąd Troglodytes troglodytes. Natomiast Kodeks nomenklatury botanicznej zabrania używania tautonimów. Przykładowo, Linneusz opisał ziarnopłon wiosenny jako gatunek jaskra, stąd nadał mu nazwę Ranunculus ficaria. Nieco później Hudson stworzył dlań odrębny rodzaj Ficaria, a sam gatunek przemianował na Ficaria verna. Kombinacja Ficaria ficaria jest według zasad nazewnictwa botanicznego niedopuszczalna. A zatem, jeśli uważamy, że ziarnopłon jest rzeczywiście jaskrem, to powinniśmy stosować nazwę Ranunculus ficaria. Jeśli natomiast chcemy dać mu rangę samodzielnego rodzaju, to wtedy używamy nazwy Ficaria verna.

Nie zawsze decyzja jest prosta, co można pokazać na dwóch przykładach. Przez długi czas na określenie świerka używano łacińskiej nazwy Picea excelsa (Lam.) Link, której określenie gatunkowe wywodzi się od Lamarcka. Okazało się jednak, że świerk przed Lamarckiem opisał już Linneusz, a zatem pierwszeństwo ma nazwa Picea abies (L.) Karst. Dlatego tej nazwy powinniśmy używać. Bardziej złożona jest sytuacja z opisanym już ziarnopłonem. Jeśli uznamy argumenty za włączeniem go do rodzaju jaskier (Ranunculus), to powinniśmy używać nazwy Ranunculus ficaria. Jeśli uważamy, że reprezentuje on odrębny rodzaj, to stosujemy nazwę Ficaria verna. Przykłady te pokazują, że dla laika wybór właściwej nazwy nie jest łatwy – musi on zawierzyć wybór autorytetom botanicznym.

autor: prof. Krzysztof Spalik