Okaz zebrany przez Michała Szuberta w 1824 r. Oznaczony jako Chara (po rewizji Nitella)

Glony są w zielniku reprezentowane nielicznie. Cały zbiór składa się ze zbioru podstawowego, liczącego około 4 tys. okazów, oraz osobnych kolekcji. Zbiór podstawowy wywodzi się z różnych lat. Zawiera głównie glony z terytorium Polski, ale również nieliczne pochodzące z wymiany lub zakupione. Najstarsza jest karta autorstwa Michała Szuberta,  z 1824 roku i przedstawiająca ramienicę Chara flexilis. Inne stare okazy to glony przywiezione przez Józefa Rostafińskiego z podróży do Cherboug i Antibes (Francja, 1874–1878), Franciszka Błońskiego – z okolic Ciechocinka, Jana Muszyńskiego – z okolic Dorpatu (obecnie Tartu), Józefa Łagowskiego – z Syberii, Lucjana Pietkiewicza – z okolic Kijowa i Bolesława Hryniewieckiego – z Norwegii. Bardzo duży zbiór Zielnik zawdzięcza Marii Magdalenie Rogalskiej – uczennicy Hryniewieckiego, która badała glony Suwalszczyzny w latach 30. XX wieku. Niestety, część jej dorobku spłonęła podczas powstania, a pozostałe zielniki uległy uszkodzeniom.

Mikroskopijne glony utrwalone w syntetycznej żywicy

Najbogatszy zbiór glonów zielnikowych to bez wątpienia brunatnice, zwłaszcza z rzędów Fucales i Laminariales. Stosunkowo niewiele można w Zielniku znaleźć glonów mikroskopijnych, co wiąże się z koniecznością innego, niż przy konserwacji glonów o większych wymiarach, przygotowania materiału (materiał utrwalony w żywicy syntetycznej, trwałe preparaty na szkiełkach, z załączonymi rysunkami oraz opisami). O takie okazy, w tym typy nowo opisanych gatunków, Zielnik wzbogacił się dzięki działalności dr Hanny Szymańskiej, opracowującej Oedogoniales oraz Coleochaete Suwalszczyzny, oraz prof. Bożeny Zakryś, badającej eugleniny.

Odrębne kolekcje:

• Die Algen Sachsens –  kolekcja wydana przez Rabenhorsta w Dreźnie w latach 1848–1877, złożona z 252 zeszytów zawierających łącznie 2586 arkuszy; stan zachowania okazów jest bardzo dobry, niemniej występują pewne luki (np. brak nr 2241–2260, 2281–2310, 2521–2586)
• Die Characeen Europa’s – kolekcja wydana przez Brauna, Rabenhorsta i Stizenbergera w latach 1857–1878, złożona z 5 zeszytów zawierających łącznie 121 arkuszy

Phykotheca marchica z 1893 roku

• kolekcja sinic Józefa Rostafińskiego – zbiór starych okazów (najstarsze datowane są na lata 30. XIX wieku) pozyskanych przez różnych zbieraczy
• trzy teki polskich glonów: dwie opracowane przez Mariana Raciborskiego, a trzecia przy udziale Jadwigi Wołoszyńskiej (150 gatunków publikowanych w czasopiśmie „Kosmos” w latach 1910 i 1911)
• brunatnice i krasnorosty z Oceanu Atlantyckiego z wybrzeża Francji (1930 r.), Hanna Wysocka (140 arkuszy)
• kolekcja glonów z wyspy Helgoland na Morzu Północnym z 1902 roku (114 arkuszy)
• kolekcja Charotheca Polonica: Zielnik Ramienic Polski (nr 1–20, Ramienice Wielkopolski, Izabella Dąmbska)
• Phykotheca marchica z 1893 roku, autorstwa Paula Henningsa, fascykuł I z 50 okazami
• kolekcja Algae Boreali-Americanae – jeden zeszyt autorstwa F. S. Collinsa, inne okazy tego autora wcielone zostały do zbioru podstawowego