Rośliny naczyniowe
Rośliny naczyniowe stanowią większość zbiorów zielnikowych, mieszczą się w 1316 pudłach i liczą według stanu z 2000 r. około 250 tys. arkuszy. Jest to tzw. zbiór podstawowy, na który składa się 87 tys. arkuszy z gatunkami flory polskiej, oraz około 160 tys. arkuszy zielnikowych flory obcej, głównie europejskiej. Swoją reprezentację mają jednak wszystkie kontynenty, zwłaszcza Australia, Ameryka Północna, Afryka Południowa, z Ameryki Południowej – głównie Kolumbia, z Azji – przede wszystkim Syberia i Indie.
Najstarsze okazy roślin naczyniowych w Zielniku UW znajdują się w liczącym ponad 220 lat zielniku pruskiego botanika Macieja Ernesta Boreckiego (Boretiusa). Zielnik ten, oprócz przedlinneuszowskich nazw łacińskich, zawiera dopiski z niemieckimi i polskimi nazwami roślin.
Prawie połowa zbiorów roślin naczyniowych Zielnika UW pochodzi z XIX w. Najstarsze arkusze datowane są na lata 20. XIX wieku i są to przede wszystkim okazy zebrane przez założyciela warszawskiego herbarium – Michała Szuberta. Dużą grupę materiałów zielnikowych pozostawił Edward Strasburger. Okazy pozyskane zostały w większości w 1863 r. z Ogrodu Botanicznego Uniwersytetu Warszawskiego. Stanowią cenną dokumentację bogactwa gatunkowego ogrodu i szklarni z tamtych czasów.
Zielnik Uniwersytetu Warszawskiego posiada największy na świecie zbiór roślin zebranych przez Ferdynanda Karo. Kolekcja ta składa się z ponad 1500 gatunków zbieranych w latach 1866–1913 w Polsce oraz na Syberii i Dalekim Wschodzie (w tym kilkanaście typów i syntypów).
W zbiorach Zielnika znajduje się wiele arkuszy Flora Polonica Exsiccata. Wydawnictwo to założyli w 1893 roku dwaj lwowscy profesorowie – Antoni Rehman i Eustachy Wołoszczak, którzy dążyli do poznania całości flory Polski.
Odrębne kolekcje
Poza kilkoma zielnikami w formie książkowej większość okazów wcielona jest do zbioru podstawowego. Poza nim pozostaje, jako odrębna kolekcja, zbiór turzyc Wilhelma Lackowitza składający się z ponad 5,2 tys. arkuszy. Jest to jedna z kolekcji, które wzbogaciły warszawski zielnik po wojnie, obecnie już zdigitalizowana i dostępna przez internet.
Nieopracowane zbiory roślin naczyniowych obejmują okazy, które zebrali:
1. ..Michał Szubert – głównie z Ogrodu Botanicznego UW
2. ..Władysław Matuszkiewicz – z okolic Lwowa, Sudetów i Puszczy Białowieskiej
3. ..Ferdynand Karo – z Polski i Syberii
4. ..Tadeusz Wiśniewski – ze Skandynawii, Kaukazu i Bałkanów
5. ..Roman Kobendza – głównie z Puszczy Kampinoskiej
6. ..Hanna Czeczott – rodzaj Quercus z Europy, Wyspy Kanaryjskie
7. ..Stefan Krupko – Cypr, Jerozolima
8. ..Bolesław Hryniewiecki – z Europy
9. ..Zygmunt Pietkiewicz – Ukraina: okolice Kijowa, Kaukaz, Karpaty
10. Franciszek Błoński – z Ukrainy Wschodniej
11. Berhard Kruse – z Europy
12. Wacław Gajewski – rodzaj Geum do badań genetycznych
13. Ernst Holzfuss – z Pomorza Zachodniego
i inni…