Zielnik Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego jest jedną z najstarszych w Polsce kolekcji botanicznych, sięgającą rodowodem  początków XIX wieku. Pierwsze kilka tysięcy okazów przywiózł z Paryża założyciel Ogrodu Botanicznego UW, profesor Michał Szubert, w roku …   W owym czasie Uniwersytet Warszawski był jedyną jednostką akademicką na terenie dawnego Królestwa Kongresowego. W kolejnych latach zielnik był stale uzupełniany dzięki działalności naukowej pracowników Uniwersytetu Warszawskiego. Wielokrotnie przenoszony z miejsca na miejsce, często ratowany przed dewastacją, ulegał jednak uszkodzeniom. Na zielniku niekorzystnie odbiło się trzydzieści lat, od zamknięcia Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego w roku 1831, czyli po Powstaniu Listopadowym, aż do utworzenia Szkoły Głównej w Warszawie w roku 1861. Pierwsze lata działalności

Szkoły Głównej związane są z osobą Jerzego Alexandrowicza, który opiekował się zbiorami biblioteki i zielnika, przechowując je w swoim prywatnym mieszkaniu. Od 1874 roku w pracach zielnikowych pomagał mu ogrodnik Ogrodu Botanicznego Hipolit Cybulski, który zebrane rośliny suszył, sporządzając materiały,  trafiające następnie do Herbarium. W 1869 ponownie zamknięto uczelnię warszawską, ale funkcjonowały niektóre placówki zwane „gabinetami”. O tym, że Gabinet Botaniczny przejął pieczę nad zielnikiem, mogą świadczyć carskie stemple widoczne na niektórych arkuszach. Kolejni opiekunowie zbiorów uniwersyteckich przyjmowani do pracy przez władze carskie, czyli wcześniej niezwiązani z Uniwersytetem i Szkołą Główną, nie przywiązywali wagi do istnienia herbarium, ani nie rozumieli jego funkcji. O tym, że wymiana materiałów zielnikowych jednak trwała, mogą świadczyć liczne arkusze zagraniczne z datami od 1869 roku aż do wyzwolenia w 1918.

W czasach I wojny światowej zbiory zielnikowe zostały ukryte w szybie nieczynnej windy w Instytucie im. Marcelego Nenckiego, który mieścił się przy ul. Śniadeckich w Warszawie, po czym zostały przekazane Towarzystwu Naukowemu Warszawskiemu, które jednak nie miało odpowiednich warunków do przechowywania i udostępniania zbiorów. Wojny i przenoszenie zielników z miejsca na miejsce powodowały zubożenie kolekcji. Całkowicie utracony został np. zbiór mszaków Wojciecha Jastrzębowskiego. W 1936 roku zielnik ponownie trafił na Uniwersytet, do Zakładu Systematyki i Geografii Roślin. Podstawowym źródłem kolekcji były materiały stanowiące dokumentację prac magisterskich i doktorskich. Nowe zbiory były pozyskiwane też dzięki wymianie z innymi herbariami bądź jako dary. Duże kolekcje w latach 30. XX wieku ofiarowali Bolesław Hryniewiecki, który opracowywał florę Suwalszczyzny oraz Roman Kobendza, dokumentujący florę mazowiecką. Porządkowaniem zbiorów zajmował się w okresie przedwojennym Czesław Barszcz, a kuratorem zbiorów był dr Stefan Krupko.

Pomagał im dr Tadeusz Wiśniewski, pracownik Zakładu Systematyki, a zarazem miłośnik wypraw badawczych, który również pozostawił zielnikowi dużą kolekcję roślin (głównie mchów) z Kaukazu, Półwyspu Bałkańskiego i Afryki (Góry Ruwenzori). Podczas II wojny światowej zielnik warszawski nie został opuszczony, pomimo że Uniwersytet przestał formalnie istnieć. Czesław Barszcz porządkował zbiory nadal, a zielnikiem Franciszka Błońskiego zajmowała się Alina Skirgiełło, która znalazła fikcyjne zatrudnienie w Przedsiębiorstwie Zieleni Miejskiej. We wrześniu 1942 roku wszyscy mieszkańcy Ogrodu Botanicznego otrzymali rozkaz opuszczenia budynków i terenu w ciągu tygodnia. Ogród miał zostać, podobnie jak Łazienki, strefą „tylko dla Niemców”.  Personel fizyczny Ogrodu, a także, wbrew zakazowi okupanta, Alina Skirgiełło i Tadeusz Wiśniewski zajęli się stroną organizacyjną przeprowadzki, mając do dyspozycji jedną ciężarówkę.

Zielnik został przetransportowany do pustych sal ograbionego Muzeum Narodowego, gdzie szczęśliwie doczekał zakończenia wojny.  Po wojnie został ponownie przeniesiony, najpierw do lokalu przy ulicy Hożej, a następnie, w kwietniu 1948 roku trafił znowu w Aleje Ujazdowskie, gdzie znajduje się do dzisiaj. Jego zasoby wzbogaciły się m.in. o cenne, poniemieckie zbiory, przywiezione przez dr Jadwigę Kobendzinę z Cieplic.
W 1949 roku zbiory zielnikowe umieszczone zostały na pierwszym piętrze w łączniku pomiędzy budynkiem Zakładu Systematyki i Geografii Roślin, a Obserwatorium Astronomicznym UW i przekazane pod kuratelę Mirosławy Kopij, która przejęła obowiązki dra Krupki, znajdującego się za granicą. Kolejnymi opiekunami zielnika były między innymi mgr Ewa Długoszewska, Jolanta Wareluk, dr Barbara Sadowska i mgr Hanna Leśniewska, a kuratorem dr Krzysztof Spalik.
W 2008 roku Zielnik został wyodrębniony z Zakładu Systematyki i Geografii Roślin jako samodzielna Pracownia w strukturze Wydziału Biologii, a funkcję kierownika objęła dr Maja Graniszewska.

Od II wojny światowej zielnik wzbogacił się o zbiory poniemieckie, które są cennym źródłem danych o dawnym bogactwie florystycznym ziem zachodnich (do tej pory nieopracowane), a także materiały zielnikowe prof. Władysława Matuszkiewicza, zbiór chwastów Zdzisławy Wójcik, zbiory prof. Hanny Czeczott (flora Wysp Kanaryjskich i Turcji), kolekcję mszaków H. Mainitza. Najświeższym nabytkiem (2012 rok) jest zielnik wyprawy studenckiej do Turcji i Syrii z 1988 roku, ofiarowany od Muzeum …. W Sosnowcu.