Po ustąpieniu Alexandrowicza w 1878 roku kierownikiem warszawskiego Ogrodu Botanicznego został Aleksander Fischer von Waldheim, „typowy okaz niemca-rusyfikatora”. Urządził on pracownię botaniczną, w której pracowali studenci i w której gromadzono zbiory botaniczne, gdyż, jak twierdził, „przy tym ubóstwie zielników, a jeszcze większym zbiorów botanicznych, jakie dotychczas w Warszawie (…) się znajdują, każdy nowy nabytek w tej mierze można nazwać konieczną potrzebą”. Fischer rządził Ogrodem i jego zbiorami do 1897. Jego następcą był od 1897 do 1901 roku Włodzimierz Bielajew, cytolog o europejskiej sławie. Ostatnim dyrektorem Ogrodu Botanicznego, w latach 1901‒1915, w końcowym okresie  istnienia Cesarskiego Uniwersytetu, był Wincenty Chmielewskij. Za jego urzędowania Ogród był pozostawiony sam sobie, bez dozoru.